สถานีตำรวจภูธรแม่ลาน ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2512 ในตอนนั้นอำเภอแม่ลานเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี เมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2532 อำเภอแม่ลานได้ยกระดับเป็นกิ่งอำเภอ แยกจากอำเภอโคกโพธ์ ประกอบด้วย 3 ตำบล คือ ต.แม่ลาน,ต.ป่าไร่,ต.ม่วงเตี้ย
ต่อมาจึงได้มีพระราชกฤษฏีกาแต่งตั้งกิ่งอำเภอแม่ลานเป็น อำเภอแม่ลาน โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 112 ตอนที่ 32 ก ลงวันที่ 8 สิงหาคม 2538 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ 7 กันยายน ในปีเดี่ยวกัน
สถานีตำรวจภูธรแม่ลาน มีหัวหน้าสถานีมาแล้ว จำนวน 23 คน นับตั้งแต่ พ.ศ.2512-ปัจจุบัน
เหตุการณ์สำคัญที่เกิดขึ้น เมื่อ 28 เมษายน 2547 เกิดเหตุคนร้ายพร้อมอาวุธ บุกสถานีตำรวจภูธรแม่ลาน ส่งผลให้ คนร้ายเสียชีวิต 11 ราย เจ้าหน้าที่ตำรวจ เสียชีวิต 1 ราย